雲端運算技術與生物資訊應用
Cloud Computing Technologies and its Bioinformatics Applications

課程資訊 Course Info.

• 上課時間： 2011/05/09 (一) ～ 2011/06/06 (一) 15:30 ～ 17:20
• Date and Time: 15:30 to 17:20, from 9 May 2011 to 6 June 2011, every Monday
• 上課地點： 陽明大學 圖資大樓 電腦教室 R401
• Location: R401 PC Room, Library and Information Building, Natioanl Yang-Ming University
• 系所公告：​http://bmi.ym.edu.tw/wp/?p=4532

線上討論 Web IRC chatroom

• ​http://webchat.freenode.net?channels=ymu110509&uio=d4

課程大綱 Course Outline

時段 Date	分類 Section	課程內容 Topics	投影片 Slides	實作 Hands-On	補充資料 Notes
05/09	Introduction	- 高速運算於生物資訊之應用 - HPC for Bioinformatics - PC Cluster 101 - 平行運算程式的種類 - Parallel Programming Model	part-1 part-2	實作一	​Intel 談多核心的重要性 ​關於 Amdahl’s Law
05/16	Introduction	- Cloud Computing Architecture - Introduction to Hadoop - Hadoop Distributed File System - Hands-on: HDFS commands	part-3 part-4	實作二 實作三	Hadoop 單機安裝（for Windows XP）
05/23	----	因校園連外網路品質不穩，順延一週授課
05/30	Hands-On	- MapReduce Algorithm - Hands-on: Running MapReduce Examples - Hadoop 相關專案簡介 - Introduction to Hadoop Ecosystem	part-4 part-5	實作四 實作五 實作六	​不同語言的 MapReduce 實作
06/06	----	端午節，順延一週授課
06/13	Hands-On	- 大型網站架構與 HBase 分散式資料庫 - Large Scale Website and HBase distributed datastore - Pig 簡介 - Introduction to Pig	part-5 part-6	實作七 實作八
06/20	Hands-On	- Bioinformatics Apps using Hadoop - Hands-on:

公用環境 Public Cluster

• ​http://hadoop.nchc.org.tw - 實驗叢集入口網站
• ​http://hadoop.nchc.org.tw/ganglia - 實驗叢集負載狀態
• ​http://hadoop.nchc.org.tw:50030 - 實驗叢集正在執行與執行完畢的任務
• ​http://hadoop.nchc.org.tw:50070 - 實驗叢集的硬碟空間狀態
• ​http://hadoop.nchc.org.tw/hadoop-doc - Hadoop 相關說明文件
• ​http://hadoop.nchc.org.tw/hadoop-doc/api/index.html - Hadoop 0.20.2 javadoc 文件
• ​http://forum.hadoop.tw - 台灣 Hadoop 使用者討論區